真空離心濃縮儀在蛋白質(zhì)組學(xué)樣品前處理中的應(yīng)用：以微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽為例

一、引言

 

蛋白質(zhì)組學(xué)研究需要對復(fù)雜的蛋白質(zhì)樣品進行前處理，包括蛋白質(zhì)提取、消化、脫鹽和分級等步驟。其中，脫鹽是去除樣品中鹽分和其他雜質(zhì)的關(guān)鍵步驟，對后續(xù)質(zhì)譜分析的靈敏度和分辨率至關(guān)重要。然而，傳統(tǒng)的脫鹽方法，如透析、超濾等，存在操作繁瑣、樣品損失大、耗時長等問題，難以滿足微量蛋白質(zhì)樣品處理的需求。本文將詳細介紹真空離心濃縮儀在微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽中的應(yīng)用方案，以期為相關(guān)研究者提供參考。

 

二、實驗材料與方法

 

2.1 實驗材料

 

(1) 微量蛋白質(zhì)樣品（總量≤10 μg）

(2) C18脫鹽柱（例如：ZipTip® C18 Pipette Tips）

(3)乙腈（ACN）

(4)三氟乙酸（TFA）

(5)真空離心濃縮儀（上海般諾BIONOON VAC-RP1）

 

2.2 實驗方法

 

2.2.1 C18脫鹽柱預(yù)處理

 

1. 使用100% ACN活化C18脫鹽柱，離心去除液體。

2. 使用0.1% TFA平衡C18脫鹽柱，離心去除液體。

 

2.2.2 樣品上樣與脫鹽

 

1. 將蛋白質(zhì)樣品溶解于0.1% TFA中。

2. 將樣品溶液緩慢上樣至C18脫鹽柱，離心收集流出液。

3. 使用0.1% TFA洗滌C18脫鹽柱，離心去除液體。

 

2.2.3 樣品洗脫

 

1. 使用50% ACN/0.1% TFA洗脫C18脫鹽柱，收集洗脫液。

2. 重復(fù)洗脫一次，合并兩次洗脫液。

 

2.2.4 真空離心濃縮

本次實驗選用的是由上海般諾生物科技有限公司生產(chǎn)的真空離心濃縮儀。

1. 將洗脫液轉(zhuǎn)移至真空離心濃縮儀的離心管中。

2. 設(shè)置轉(zhuǎn)速至1500rpm，加熱溫度至30 ℃,真空度100mbar。

3. 啟動濃縮程序，濃縮至體積≤10 μL。

4. 使用0.1% TFA將濃縮后的樣品定容至20 μL。

 

三、結(jié)果與討論

 

3.1 脫鹽效率檢測

 

使用NanoDrop 2000對脫鹽前后的樣品進行蛋白濃度檢測，結(jié)果顯示：

 

1. 脫鹽前樣品濃度為0.5 μg/μL，體積為20 μL。

2. 脫鹽后樣品濃度為0.45 μg/μL，體積為20 μL。

3. 脫鹽效率達到90%以上。

 

3.2 質(zhì)譜分析

 

將脫鹽后的樣品進行LC-MS/MS分析，數(shù)據(jù)分析結(jié)果顯示：

 

1. 質(zhì)譜信號強度顯著提高，信噪比明顯改善。

2. 蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量增加，低豐度蛋白質(zhì)的鑒定率提高。

 

3.3 討論

 

本案例成功地將真空離心濃縮儀應(yīng)用于微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽中，解決了傳統(tǒng)方法操作繁瑣、樣品損失大、耗時長等問題。實驗結(jié)果表明，真空離心濃縮儀能夠及時、溫和地濃縮脫鹽后的蛋白質(zhì)樣品，且不會對樣品造成明顯損失。濃縮后的樣品濃度提高，滿足了質(zhì)譜分析的上樣要求，并獲得了高質(zhì)量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。

 

四、結(jié)論

 

真空離心濃縮儀在微量蛋白質(zhì)樣品脫鹽中具有優(yōu)勢，能夠提高脫鹽效率，減少樣品損失，獲得高質(zhì)量的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。本案例為相關(guān)研究者提供了一種可靠的技術(shù)方案，具有重要的參考價值。

 

五、注意事項

 

1. 操作過程中應(yīng)佩戴手套和面罩，避免樣品污染。

2.  C18脫鹽柱的預(yù)處理和洗脫條件應(yīng)根據(jù)具體實驗需求進行調(diào)整。

3. 真空離心濃縮儀的參數(shù)設(shè)置應(yīng)根據(jù)具體儀器型號和樣品性質(zhì)進行調(diào)整。

4. 濃縮過程中應(yīng)密切觀察樣品體積變化，避免過度濃縮導(dǎo)致樣品損失。

 

六、致謝

 

感謝實驗室成員對本研究的支持和幫助。